Evènement pour le groupe BioInformatique et Visualisation


Date 2013-04-04  11:00-12:30
TitreOrganisation des gènes le long des génomes : programmation linéaire et statistiques 
RésuméJe présenterai dans un premier temps mes travaux en génomique comparative. Pour illustrer la puissance de la programmation linéaire à variables booléennes, je parlerai du calcul du nombre d'adjacences au travers de trois modèles de génomes. Ces trois modèles sont de plus en plus complexes, mais surtout de plus en plus biologiquement pertinents : (i) aucune duplication de gène (identité de séquence vs permutation), (ii) duplications de gènes acceptées (maximisation d'un couplage), (iii) familles de gènes non-prédéfinies (maximisation à partir d'un graphe bipartite). Dans un deuxième temps, je parlerai de mes études portant sur l'organisation des gènes co-fonctionnels chez le génome humain. À l'aide de statistiques, nous évaluerons la concentration ou la dispersion de groupes de gènes. Ces groupes sont par exemple des ensemble de gènes codant pour les protéines intervenant dans une même voie de signalisation ou codant pour les mêmes ARNs de transfert. Nous observerons si ces groupes sont concentrés le long des chromosomes, dans un faible nombre de chromosomes et/ou dans l'espace à 3 dimensions.  
Lieu178 
OrateurAnnelyse Thevenin 
Emailatheven@cebitec.uni-bielefeld.de 
UrlBielefeld University 



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