From LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique

MaBioVis: MaBioVis

Equipes
Modèles et Algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d'informations
Responsables : G. Blin (Equipe), S. Maabout (Adjoint Equipe), R. Bourqui (EVADoMe), M. Raffinot (CoBalt)
Membres Publications

La constitution de l'équipe est motivée, entre autre, par la conviction que la recherche en informatique jouera un rôle essentiel pour la résolution de certaines grandes questions en sciences du vivant. Comment évoluent les génomes ? Comment coopèrent les produits des gènes pour réaliser les fonctions cellulaires ? Comment sont structurés et organisés les biomolécules, les génomes, les cellules, les organismes multicellulaires ou les populations ? L'informatique, en fournissant des méthodes réutilisables pour maîtriser et visualiser les données, apporte à ces questions les moyens de construire des modèles multi-échelles des systèmes biologiques, et des approches formelles pour comprendre les structures complexes qui en découlent. Au-delà des sciences du vivant, les masses de données présentes dans d'autres domaines tels que les télécommunications, les systèmes d'informations ou l'analyse financière, constituent autant de champs d'application potentiels des travaux de l'équipe.

L'engagement de notre équipe sur des questions biologiques en génomique comparée et en analyse de structures biologiques arborescentes (notamment les plantes et les structures de biomolécules) est essentiel car les modèles et algorithmes issus de ces recherches ont un intérêt fondamental dans le domaine de l'informatique. En génomique comparée, nous cherchons à comprendre l'évolution de génomes et leur rôle dans le fonctionnement du vivant par la comparaison globale à plusieurs échelles : structure de gènes et de biomolécules, organisation chromosomique, identification de réseaux métaboliques et d'interactions, synthèse de modèles mathématiques stochastiques du comportement. Dans l'analyse de structures biologiques arborescentes nous réalisons à la fois l'analyse structurelle d'individus et l'analyse comparative de la variabilité d'une population. Pour répondre à ces questions nous développons des modèles et algorithmes pour la modélisation multi-échelle, l'intégration de données hétérogènes, et la visualisation de grandes structures. Les domaines de l'informatique et de l'application biologique se nourrissent donc mutuellement, chacun pouvant se voir comme une fin et un moyen. Ainsi les techniques généralistes que sont l'intégration de données hétérogènes, la modélisation multi-échelle et la multi-modalité trouvent leur application dans la génomique comparée et l'analyse de structures arborescentes. Ces applications commencent par l'intégration de données et une construction de modèles quotients multi-échelles qui sont rendues compréhensibles par la visualisation. La visualisation d'informations, qui ne se limite pas au champ de la biologie, ne peut se concevoir qu'au travers de l'intégration des données. Elle développe des modèles multi-échelles essentiels dans le cadre de son action puisqu'elle adresse des données massives. Notre activité, à l'interface de ces différents domaines, nécessite le maintien d'un dialogue étroit entre les informaticiens et les biologistes afin d'améliorer la cohésion des recherches, en n'excluant pas l'extension à d'autres champs disciplinaires.


Thèmes de recherche :

Les étroites collaborations menées par notre équipe avec des chercheurs biologistes et bioinformaticiens ont pour cadre le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB). Le CBiB est l'un des pôles scientifiques et technologiques de Génomique Fonctionnelle Bordeaux qui regroupe les Universités Bordeaux 2, Bordeaux 1, le CNRS, l'INRA, l'INSERM, le CHU et l'Institut Bergonié. La direction de Génomique Fonctionnelle Bordeaux est assurée par D. Rolin et celle du CBiB par M. Nikolski.

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Page mise à jour le 23/11/2016 à 15:38